Urodzony 1 marca 1972 w Żarach (Polska). W 1997 r. ukończył Akademię Muzyczną im. Karola Lipińskiego we Wrocławiu w klasie kompozycji Grażyny Pstrokońskiej-Nawratil (dyplom z wyróżnieniem). W czasie studiów doskonalił swoje umiejętności biorąc udział w II Międzynarodowych Spotkaniach Młodych Kompozytorów w Apeldoorn w Holandii, organizowanych przez Fundację Gaudeamus (1996) oraz w warsztatach muzyki eksperymentalnej i komputerowej na Uniwersytecie w Gandawie (1997).

Od 1998 r. zawodowo związany z Akademią Muzyczną im. Karola Lipińskiego we Wrocławiu. W 2003 r. uzyskał stopień doktora sztuki muzycznej w zakresie kompozycji, a w roku 2012 stopień doktora habilitowanego sztuki muzycznej w zakresie kompozycji. W roku 2020 z rąk Prezydenta RP otrzymał tytuł profesora sztuki.

Obecnie w swojej macierzystej uczelni prowadzi klasę kompozycji oraz zajęcia z muzyki komputerowej.

Twórczość kompozytorska Marcina Bortnowskiego stanowi trzon jego aktywności. Obejmuje różne formy i gatunki muzyczne: muzykę symfoniczną, kameralną, elektroakustyczną, chóralną i solową. Jego utwory wykonywane były przez takie zespoły, jak m.in. Narodowa Orkiestra Symfoniczna Polskiego Radia w Katowicach, Filharmonia Narodowa w Warszawie, Deutsche Symphonie-Orchester w Berlinie, Filharmonia Wrocławska, Orkiestra Muzyki Nowej, Aukso - Orkiestra Kameralna Miasta Tychy, Orkiestra Kameralna Polskiego Radia Amadeus, Orkest de Ereprijs, oh-tone Ensemble, Kwartet Śląski, Zespół Śpiewaków Miasta Katowice Camerata Silesia, Chór Chłopięcy NFM. Wspólpracuje również z wybitnymi solistami: Markiem Andryskiem, Klaudiuszem Baranem, Andrzejem Bauerem, Maciejem Frąckiewiczem, Geirem Draugsvollem, Jakubem Jakowiczem, Christine Pryn, Aleksandrą Rupocińską, Marcinem Zdunikiem.

Twórczość Marcina Bortnowskiego prezentowana była na festiwalach w kraju i zagranicą, m. in. podczas Międzynarodowego Festiwalu Muzyki Współczesnej „Warszawska Jesień”, Ultraschall (Berlin), Kiev Music Fest (Kijów), Aksamitna Kurtyna (Lwów), Audio Art Festival (Kraków) Festiwal Polskiej Muzyki Współczesnej „Musica Polonica Nova” (Wrocław), Festiwal Prawykonań (Katowice), Jesienny Festiwal Muzyczny „Alkagran”. Jego utwory wykonywane były również na koncertach w Niemczech, Holandii, Finlandii, Białorusi, Ukrainie, Luksemburgu, Chinach. Transmitowane były także przez radiofonie zrzeszone w Europejskiej Unii Nadawców (56 krajów) oraz Telewizję Polską S.A.